Bugün IŞİD olarak bilinen grubun kökleri, ilk kez 1999 yılında Cemaatu’l Tevhid ve’l Cihad adıyla ortaya çıkmış ve 2004 yılında El Kaide’ye bağlılık yemini etmişti. ABD liderliğindeki koalisyon Mart 2003’te Irak’ı işgal ettiğinde, bu grup da işgalcilerle çatışmaya katılmıştı.
Ocak 2006’da grup, Mücahid Şura Konseyi’ni oluşturmak için birkaç başka Sünni grupla birleşti. Aynı yılın ilerleyen zamanlarında örgüt, Irak İslam Devleti’nin (İİD) kurulduğunu ilan etti.
2011’de Suriye İç Savaşı’nın patlak vermesinin ardından, Ebu Bekir el-Bağdadi liderliğindeki İİD, o yılın Ağustos ayında Suriye’ye savaşçılarını gönderdi. Bu savaşçılar başta El-Kaide’ye bağlı olan Nusret Cephesi’ni kurdular ve Rakka, İdlib, Deyr ez-Zor ve Halep gibi Sünni çoğunluklu bölgelerde faaliyet gösterdiler.
Bağdadi 2013 yılında, İİD ve Nusret Cephesi’nin birleşeceğini duyurarak bu oluşumun adını Irak ve Şam İslam Devleti (IŞİD) olarak değiştirdi. Ancak Nusret Cephesi lideri Ebu Muhammed Cevlani bu birleşmeyi istemedi ve konu El-Kaide Lideri Eymen Ez-Zevahiri’ye taşındı. O da her iki grubun da bulunduğu bölgede kalmasına ve birleşmemesine hükmetti.
Yedi aylık uzun bir mücadelenin ardından IŞİD biatını bozarak El-Kaide’den ayrıldı.
Suriye’de IŞİD, hem hükümet güçlerine hem de diğer gruplara karşı ağır saldırılar başlattı. Propaganda ve örgüte alım çabalarında önemli bir rol oynayan grafiksel baş kesme videolarının yayılmasıyla küresel bir ün kazandı.
2014’ün ortalarına gelindiğinde grup, Irak hükümet güçlerini birkaç büyük şehirden kovmuştu. Bu toprak kazanımları Bağdat’ı çöküşün eşiğine getirdi ve Amerika Birleşik Devletleri’ni bölgede askeri operasyonları yeniden başlatmaya yöneltti.